Bakterier og svampe er eksempler på mikroorganismer. Dem vi er mest interesseret i indenfor landbruget er dem, der har en positiv effekt på jorden. Bakterier er med til at nedbryde plantemateriale og opbygge organisk materiale i jorden.  Svampe kan indgå symbiotiske forhold med planter, hvor svampen giver planten næringsstoffer i bytte for sukkerstof (se Mykorrhiza). 

Man har en ide om, hvilken rolle bakterier og svampe spiller i landbruget, men der mangler generel viden på dette område. Man kan se, at der i uforstyrret jord er mange flere bakterier og svampe end pløjet jord.